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Código aberto na batalha mundial do COVID-19

Código aberto na batalha mundial do COVID-19

17 de fevereiro de 2021 - por Andrew Oram

Fevereiro marca a celebração da criação do Open Source Initiative (OSI) em 1998. OSI criou a definição padrão do termo Open Source que ajudou a guiar muitas das iniciativas do LPI hoje. Durante o ano passado, o código aberto forneceu muitas oportunidades para as organizações continuarem a trabalhar, implementar seus projetos e continuar alcançando as comunidades. Aqui estão apenas alguns exemplos de como o código aberto oferece oportunidades através do COVID-19.

Este artigo faz parte de uma série mensal no blog LPI para celebrar o aniversários de vários projetos importantes de código aberto, explorando diferentes ângulos e direções do amplo movimento de código aberto.

A crise do COVID-19 trouxe toda a criatividade do movimento de código aberto. Em todas as áreas de inovação - software de código aberto, dados abertos, colaboração aberta e até equipamentos abertos - as empresas e institutos de pesquisa atendem às necessidades médicas e de saúde pública rapidamente. Este artigo destaca algumas das iniciativas em cada área.

LPI Partners Se Unem

Como parte de uma comunidade mundial de código aberto, muitos Parceiros LPI encontraram oportunidades por meio do código aberto para contornar as restrições do COVID-19.

  • Sysvale Softgroup Tecnologia, uma empresa de serviços de informática abrangente no Brasil, preencheu uma grande lacuna na informação pública ao criar CO-VIDA, um site de crowdsourcing onde as pessoas podem inserir informações sobre si mesmas e, coletivamente, reunir uma imagem de onde o vírus se espalhou no país.
  • Consórcio GARR na Itália adicionou seu código aberto software de videoconferência eduMEET para um site chamado IoRestoACasa.work (“I Stay At Home”), que atende trabalhadores e alunos isolando-se.
  • Odoo, empresa de serviços de gestão com escritórios em três continentes, oferece serviços de graça às organizações da campanha COVID-19.
  • Linuxhotel em Essen, Alemanha, que hospeda treinamento em software livre e de código aberto, fez uma transição para cursos online.

Equipamento Aberto

Este pode ser o desenvolvimento mais legal na campanha aberta COVID-19. Considere os ventiladores, a linha final de defesa contra a morte por vírus. Os ventiladores tradicionais são caros, complexos e de fabricação lenta. Isso ocorre porque eles foram projetados para cobrir uma ampla gama de usos e para serem muito robustos; sua adaptabilidade e recursos ricos fazem sentido em tempos normais. Mas os milhões que sofrem de falta de ar devido a um único vírus poderiam se beneficiar de dispositivos muito mais simples que fazem o trabalho.

Software livre

Embora o campo da saúde fique atrás de outros em sua disposição de usar software livre, uma série de ferramentas importantes fez progresso. Os registros eletrônicos de saúde de código aberto são empregados em muitos países.

  • GNU Health, um grande projeto do projeto GNU da Free Software Foundation, trabalhou com a cidade de Diamante na Argentina para implantar um aplicativo permitindo que a cidade rastreie pacientes suspeitos de COVID-19 e seus contatos.
  • A Alemanha implantou, sob a licença Apache 2.0, um https://github.com/corona-warn-app aplicativo de rastreamento de contatos que pode avisar as pessoas se elas foram expostas ao COVID-19.
  • Uma iniciativa da Linux Foundation, Saúde pública, lançou o código para dois aplicativos que ajudam a rastrear infecções por COVID-19 e notificar pessoas em risco, Covid Green e Escudo COVID.
  • Duas organizações que fornecem software de código aberto importante na área da saúde são i2b2 tranSMART (onde o "tranS" significa medicina translacional, basicamente pesquisa aplicada), e Sage Bionetworks, que desenvolve software para colaboração entre empresas farmacêuticas. Veremos suas contribuições em outras seções deste artigo.
  • ICE é uma ferramenta de código aberto que fornece suporte à decisão clínica para imunizações.

Dados Abertos

Deve-se notar que dados abertos são um tópico mais confuso e com mais nuances do que software de código aberto. Mesmo os dados que foram desidentificados com perícia (tornados anônimos) correm o risco de serem reidentificados, por isso é importante garantir que o acesso aos dados de saúde vá para pesquisadores legítimos. A maioria das organizações impõe códigos de conduta e requisitos de licenciamento para evitar abusos.

  • No Reino Unido, várias empresas e pesquisadores trabalharam com o Serviço Nacional de Saúde para criar OpenSAFELY com dados clínicos de 24 milhões de pacientes, para ajudar na pesquisa do COVID-19. Seu software e código são disponível no GitHub, embora eu não tenha visto uma licença.
  • O Projeto de rastreamento COVID nos Estados Unidos, como CO-VIDA no Brasil, entrou onde o governo deixou uma lacuna de conhecimento. Um conjunto dedicado de voluntários compila os dados de saúde pública mais recentes. E eles fazem mais do que limpar e apresentar os dados: eles também os executam por meio de duas ferramentas de análise importantes: COVID Racial Data Tracker e o Cuidado a longo prazo rastreador. Este projeto é apoiado por O Atlantico revista e publicou seus dados e conteúdo sob uma licença Creative Commons CC BY 4.0,
  • O Mapa de atendimento COVID oferece ferramentas geoespaciais para verificar quem está recebendo ou não o equipamento, e quão restrita está a capacidade dos provedores de uma região. O código aberto Pesquisa Nextstrain SARS-CoV-2 rastreia a evolução do vírus - uma grande preocupação porque está produzindo rapidamente mais mutações mortais. 
  • Sage Bionetworks criou um Enclave de dados colaborativos de coorte nacional COVID com dados do US National Institutes of Health (NIH). Este banco de dados aberto está no coração de um Desafio COVID-19 DREAM.
  • Terra, um banco de dados de código aberto para saúde formado pela Alphabet's na verdade e o Instituto Broad, fornece dados para ajudar os pesquisadores a ver a propagação e as mutações do COVID-19. Como o Broad Institute fica na área de Boston, essa parceria ajudou a descobrir o que foi provavelmente o primeiro evento de superespalhamento COVID-19 no hemisfério ocidental. (Lembro-me bem, porque também moro na área de Boston.)
  • comunidade de dados abertos da data.world promove a colaboração no COVID-19, pedindo às organizações que compartilhar seus dados usando a Creative Commons Open License.
  • A Artigo ZDNet inclui uma lista enorme de outros conjuntos de dados disponíveis para pesquisadores do COVID-19.
  • Vários dos projetos listados aqui também são selecionados na mais extensa Repositório Data4Covid19 of O Laboratório de Governança na New York University (NYU). (Eu escrevo e edito freelance para o GovLab.) Stefaan G. Verhulst, cofundador do GovLab, quando entrevistado para este artigo, disse "Código aberto, como dados abertos e ciência aberta, permite colaboração radical e experimentação para abordar a missão - direcionou as metas de interesse público de uma maneira muito mais ágil e econômica. "

Colaboração aberta e outros auxílios para pesquisadores

Todos os tipos de recursos foram disponibilizados por organizações generosas no esforço de pesquisar COVID-19: ferramentas para pesquisar artigos, localizar seus autores e analisar os dados.

  • COVID-Net oferece uma ferramenta desenvolvida por meio de aprendizado de máquina para determinar a presença de COVID-19 em radiografias de tórax. Foi criado com ajuda de O Laboratório de Governança.
  • Kaggle, uma coleção de conjuntos de dados para ciência de dados, criou um Conjunto de dados de pesquisa aberta COVID-19 (CORD-19) contendo mais de 280,000 artigos acadêmicos e publicou um desafio de pesquisa com os conjuntos de dados. A artigo do US National Institutes of Health descreve o conteúdo, que parece ser apenas texto e metadados, mas não os dados reais usados ​​pelos acadêmicos.
  • Vespa da Verizon é outra ferramenta de código aberto (lançada sob o Licença Apache 2.0) que auxilia nas buscas e recomendações de artigos relevantes na área da saúde.
  • Três Projetos COVID-19 em i2b2 tranSMART estão em estágios iniciais; um projeto intrigante ajuda as pessoas a localizar pesquisadores com os quais desejam colaborar.
  • Finalmente, não se deve esquecer que os pesquisadores precisam de muitos recursos de computação para executar suas análises. No início da história da pandemia, portanto, o governo federal dos EUA convenceu 16 laboratórios e empresas a oferecer tempo de computação grátis aos pesquisadores do COVID-19.

A Campanha COVID-19 Traz um Sopro de Ar Fresco

Esperançosamente, as iniciativas neste artigo apontam para uma abertura no campo da saúde, que tradicionalmente tem sido conservador e relutante em compartilhar dados ou colaborar. A pandemia trouxe uma nova urgência às críticas que foram levantadas por décadas: falta de coordenação no fornecimento de equipamentos salva-vidas, práticas de publicação rígidas que atrasam pesquisas ou cobram preços altos por elas, práticas ruins na coleta e compartilhamento de dados e uso de formatos de dados inflexíveis como planilhas. E, claro, as pessoas se preocupam com quem está recebendo nossos dados e como eles podem abusar dela.

O terrível tributo da COVID-19 acelerou processos tradicionais - como o incrível desenvolvimento de vacinas - e obrigou a área da saúde a adotar práticas como a telessaúde, que já deveriam ter adotado há muito tempo. Esperançosamente, o novo ambiente colaborativo também quebrará o impasse de dados e comportamento isolados que aumentaram os custos de saúde e retardaram as mudanças para melhores práticas, como cuidados baseados em valor. A luz solar é o desinfetante de que o campo precisa agora.
 

Sobre Andrew Oram:

Andrew Oram

Andy é escritor e editor na área de informática. Seus projetos editoriais na O'Reilly Media variavam de um guia legal cobrindo propriedade intelectual a uma história em quadrinhos sobre hackers adolescentes. Andy também escreve frequentemente sobre TI de saúde, em questões políticas relacionadas à Internet e nas tendências que afetam a inovação técnica e seus efeitos na sociedade. Publicações impressas onde seu trabalho apareceu incluem The Economist, Communications of the ACM, Copyright World, o Journal of Information Technology & Politics, Vanguardia Dossier e Internet Law and Business. Conferências onde apresentou palestras incluem O'Reilly's Open Source Convention, FISL (Brasil), FOSDEM (Bruxelas), DebConf e LibrePlanet. Andy participa da organização de políticas da Association for Computing Machinery, USTPC.