RSS
ブログ
世界的なCOVID-19バトルのオープンソース

世界的なCOVID-19バトルのオープンソース

February 17, 2021 - by Andrew Oram

Februaryは、1998 年に オープン ソース イニシアチブ (OSI) が設立された記念すべき年です。OSI はオープンソースという用語の標準的な定義を作成し、今日の LPI のイニシアチブの多くの指針となりました。この一年間、オープンソースは、組織が作業を継続し、プロジェクトを実装し、コミュニティに働きかけ続けるための多くの機会を提供しました。ここでは、COVID-19 の顔となっているオープンソースがどのように機会を提供しているのか、いくつかの例を紹介します。

いくつかの主要なオープン ソース プロジェクトの記念日を祝う LPI ブログの月例シリーズの一部で、幅広いオープン ソース運動のさまざまな角度と方向性を探ります。

COVID-19の危機は、オープンソース運動のすべての創造性を引き出しました。オープンソースソフトウェア、オープンデータ、オープンコラボレーション、さらにはオープン機器など、イノベーションのあらゆる分野で、企業や研究機関は医療や公衆衛生のニーズに迅速に対応してきました。この記事では、各分野の取り組みの一部を紹介します。

LPIパートナーのステップアップ

世界的なオープンソースコミュニティの一部として、多くのLPIパートナーは、オープンソースを通じてCOVID-19の制約を回避する機会を見出してきました。

  • Sysvale Softgroup Tecnologiaブラジルの総合コンピュータサービス会社である、は、 CO-VIDA人々が自分自身に関する情報を入力し、ウイルスが国内で広がっている場所の写真をまとめてまとめることができるクラウドソーシングサイト。
  • コンソーシアムGARR イタリアではオープンソースを追加しました eduMEETビデオ会議ソフトウェア と呼ばれるサイトに IoRestoACasa.work (「私は家にいる」)、それは彼ら自身を隔離する労働者と学生に役立ちます。
  • XNUMX大陸にオフィスを持つ管理サービス会社のOdooは、 無料のサービス COVID-19キャンペーンの組織に。
  • Linuxhotel 無料のオープンソースソフトウェアのトレーニングをホストしているドイツのエッセンで、オンラインコースに移行しました。

オープン機器

これはCOVID-19キャンペーンの中で最もクールな開発かもしれません。人工呼吸器は、ウイルスによる死に対する最終防衛ラインです。従来の人工呼吸器は高価で、複雑で、製造に時間がかかります。これは、幅広い用途をカバーし、非常に堅牢であるように設計されているためであり、その適応性と豊富な機能は、平時には意味があります。しかし、XNUMXつのウイルスが原因で息切れに悩む何百万人もの人々は、よりシンプルな装置で仕事をこなすことができるようになるかもしれません。

フリーソフトウェア

医療分野は、自由ソフトウェアの使用に積極的であるという点では他の分野に遅れをとっていますが、いくつかの重要なツールが前進しています。オープンソースの電子カルテは多くの国で採用されています。

  • GNU HealthフリーソフトウェアファウンデーションのGNUプロジェクトの主要プロジェクトである、はアルゼンチンのディアマンテ市と協力してアプリをデプロイしました 市が疑わしいCOVID-19患者とその連絡先を追跡できるようにする.
  • ドイツは、Apache2.0ライセンスの下で https://github.com/corona-warn-app COVID-19にさらされたかどうかを人々に警告できるコンタクトトレーシングアプリ。
  • Linux Foundationのイニシアチブ、 公衆衛生は、COVID-19感染を追跡し、危険にさらされている人々に通知するのに役立つXNUMXつのアプリにコードをリリースしました。 コビッドグリーンCOVIDシールド.
  • ヘルスケアで重要なオープンソースソフトウェアを提供しているXNUMXつの組織は i2b2 tranSMART (「tranS」は翻訳医学、基本的には応用研究を意味します)、および セージバイオネットワークス、製薬会社間のコラボレーションのためのソフトウェアを開発します。 この記事の他のセクションで彼らの貢献を見るでしょう。
  • ICE は、予防接種の臨床意思決定支援を提供するオープンソースツールです。

オープンデータ

オープンデータは、オープンソースソフトウェアよりも、より複雑でニュアンスのあるテーマであることに注意が必要です。専門的に特定が解除された(匿名化された)データであっても、再特定されるリスクがあるため、健康データへのアクセスが合法的な研究者のものであることを確認することが重要です。ほとんどの組織では、悪用を防ぐために行動規範やライセンス要件を課しています。

  • 英国では、多くの企業や研究者が国民保健サービスと協力して作成しました OpenSAFELY COVID-24研究を支援するために、19万人の患者の臨床データを使用します。 彼らのソフトウェアとコードは GitHubで利用可能、ライセンスは表示されませんでしたが。
  •   COVID追跡プロジェクト 米国では、ブラジルのCO-VIDAのように、政府が知識のギャップを残したところに足を踏み入れました。 献身的なボランティアのセットが最新の公衆衛生データを編集します。 また、データをクリーンアップして表示するだけでなく、XNUMXつの重要な分析ツールを使用してデータを実行します。 COVID人種データトラッカー介護 トラッカー。 このプロジェクトはによってサポートされています 大西洋の 雑誌であり、Creative Commons CC BY4.0ライセンスの下でそのデータとコンテンツを公開しています。
  •   COVIDケアマップ 機器を入手している人と入手していない人、および地域のプロバイダーの能力がどれほど緊張しているかを調べるための地理空間ツールを提供します。 オープンソース Nextstrain SARS-CoV-2 Research ウイルスの進化を追跡します。これは、より致命的な突然変異を迅速に生成するため、大きな懸念事項です。 
  • SageBionetworksは National COVID Cohort Collaborative Data Enclave 米国国立衛生研究所(NIH)からのデータを使用。 このオープンデータベースは、 COVID-19DREAMチャレンジ.
  • テラ、Alphabet'sによって形成された健康のためのオープンソースデータベース 本当にブロード研究所、研究者がCOVID-19の広がりと突然変異を確認するのに役立つデータを提供します。 ブロード研究所はボストン地域にあるため、このパートナーシップは、おそらく西半球で最初のCOVID-19スーパースプレッダーイベントであったものを明らかにするのに役立ちました。 (私もボストン地域に住んでいるので、よく覚えています。)
  • data.worldのオープンデータコミュニティ 組織に依頼することにより、COVID-19でのコラボレーションを促進します データを共有する クリエイティブコモンズオープンライセンスを使用します。
  • A ZDNetの記事 COVID-19研究者が利用できる他のデータセットの膨大なリストが含まれています。
  • ここにリストされているプロジェクトのいくつかは、より広範なプロジェクトでもキュレーションされています Data4Covid19リポジトリ of ガバナンスラボ ニューヨーク大学(NYU)で。 (私はGovLabのフリーランスの執筆と編集を行っています。)GovLabの共同創設者であるStefaan G. Verhulstは、この記事のインタビューを受けて、次のように述べています。はるかに機敏で費用対効果の高い方法で公益目標を推進しました。」

研究者のためのオープンコラボレーションおよびその他の支援

COVID-19の研究のために、寛大な組織によってあらゆるリソースが開放されています:論文検索、著者検索、データ分析のためのツール。

  • COVID-Net 胸部X線からCOVID-19の存在を判断するための機械学習を通じて開発されたツールを提供します。 それはで作成されました サポート from ガバナンスラボ.
  • Kaggle、データサイエンスのデータセットのコレクションは、 COVID-19オープンリサーチデータセット (CORD-19)280,000以上の学術論文を含み、 研究課題 データセットを使用します。 アン 米国国立衛生研究所からの記事 テキストとメタデータのみのように見えるコンテンツを説明しますが、学者が使用する実際のデータは説明しません。
  • ベライゾンのベスパ 別のオープンソースツールです( Apache 2.0ライセンス)ヘルスケアの関連記事の検索と推奨に役立ちます。
  • スリー COVID-19プロジェクト i2b2では、tranSMARTは初期段階にあります。 興味深いプロジェクトのXNUMXつは、共同作業を希望する可能性のある研究者を見つけるのに役立ちます。
  • 最後に、研究者が分析を実行するには、大量のコンピューティングリソースが必要であることを忘れてはなりません。 したがって、パンデミックの歴史の早い段階で、米国連邦政府は16の研究所と企業を説得して 無料の計算時間を提供する COVID-19研究者に。

COVID-19キャンペーンで爽やかな空気を吹き込む

この記事の取り組みは、伝統的に保守的でデータの共有や共同研究に消極的だった医療分野の開放を示すものであることを期待している。今回のパンデミックは、何十年も前から言われてきた批判に新たな緊急性をもたらした。救命器具の提供における連携不足研究を妨げたり、高額な料金を請求したりする堅苦しい出版慣行データ収集と共有における不適切な慣行、スプレッドシートなどの柔軟性に欠けるデータフォーマットの使用。そしてもちろん、誰が私たちのデータを取得しているのか、そしてそのデータをどのように悪用しているのかを心配している人もいます。

COVID-XNUMXの恐ろしい被害は、ワクチンの驚異的な開発などの伝統的なプロセスを加速させ、医療分野は、ずっと前に受け入れるべきだったテレヘルスのような実践を採用することを余儀なくされている。うまくいけば、新しい協力的な環境はまた、医療コストを増加させ、価値ベースのケアのようなより良い実践への動きを鈍らせてきたサイロ化されたデータと行動の行き詰まりを打破するだろう。仝それにしても、これまでのように、「これでいいのか」と思ったことはありません。

Andrew Oramについて:

アンドリューオラム

アンディはコンピュータ分野のライター兼編集者です。O'Reilly Mediaでの編集プロジェクトは、知的財産をカバーする法律ガイドから、XNUMX代のハッカーを題材にしたグラフィックノベルまで多岐にわたります。また、健康IT、インターネットに関連する政策問題、技術革新とその社会への影響に影響を与えるトレンドについても頻繁に執筆しています。著書には、The Economist、Communications of the ACM、Copyright World、Journal of Information Technology & Politics、Vanguardia Dossier、Internet Law and Businessなどがあります。講演を行った会議には、O'Reilly's Open Source Convention、FISL (ブラジル)、FOSDEM (ブリュッセル)、DebConf、LibrePlanet などがあります。アンディは、Association for Computing Machinery の政策組織である USTPC に参加しています。