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L'Open Source e la battaglia mondiale contro il COVID-19

L'Open Source e la battaglia mondiale contro il COVID-19

17 febbraio 2021 - di Andrew Oram

Febbraio segna la celebrazione della creazione della Open Source Initiative (OSI) , nata nel 1998. OSI ha creato la definizione standard del termine Open Source che ha contribuito a guidare molte delle iniziative di LPI di oggi. Durante lo scorso anno, l'open source ha fornito molte opportunità alle organizzazioni di continuare a lavorare, implementare i progetti e continuare a raggiungere le rispettive community. Ecco solo alcuni esempi di come l'open source offra opportunità contro il COVID-19.

Questo articolo fa parte di una serie mensile sul blog LPI per celebrare gli anniversari di diversi progetti chiave open source, esplorando diversi angoli e direzioni dell'ampio movimento open source.

La crisi COVID-19 ha messo in luce tutta la creatività del movimento open source. In ogni area di innovazione: software open source, dati aperti, collaborazione aperta e persino attrezzature aperte, le aziende e gli istituti di ricerca hanno affrontato rapidamente le esigenze mediche e di salute pubblica. Questo articolo evidenzia alcune delle iniziative in ciascuna area.

Dai Partner LPI

Come parte della comunità open source mondiale, molti partner LPI hanno trovato opportunità attraverso l'open source per ruotare attorno ai vincoli di COVID-19.

  • Sysvale Softgroup Tecnologia, una società di servizi informatici completa in Brasile, ha colmato una grave lacuna nell'informazione pubblica creando CO-VIDA, un sito di crowdsourcing in cui le persone possono inserire informazioni su se stesse e mettere insieme insieme un'immagine di dove il virus si è diffuso nel paese.
  • GARR in Italia ha aggiunto il suo software open source di videoconferenza eduMEET al sito IoRestoACasa.work ("I Stay At Home"), utile a lavoratori e studenti per operare in remoto.
  • Odoo, società di servizi di gestione con uffici in tre continenti, offre i suoi servizi gratuiti alle organizzazioni nella campagna COVID-19.
  • Linuxhotel di Essen, Germania, che ospita corsi di formazione su software gratuito e open source, è adesso passato ai corsi online.

La cassetta degli attrezzi è Open!

E questo, infine, potrebbe essere lo sviluppo più interessante della campagna open source contro COVID-19. I ventilatori polmonari sono l'ultima linea di difesa contro la morte da virus. I ventilatori polmonari tradizionali sono costosi, complessi e lenti da produrre. Questo perché sono stati progettati per coprire un'ampia gamma di utilizzi e per essere molto robusti; adattabilità e caratteristiche hanno perfettamente senso in tempi normali. Ma i milioni di persone che soffrono a causa di un singolo virus potrebbero trarre vantaggio da dispositivi molto più semplici.

Software Libero

Sebbene il settore sanitario sia in ritardo rispetto agli altri nella sua volontà di utilizzare software libero, numerosi strumenti importanti hanno fatto progressi. Le cartelle cliniche elettroniche open source sono utilizzate in molti paesi.

  • GNU Health, un importante progetto del progetto GNU della Free Software Foundation, ha collaborato con la città di Diamante in Argentina per distribuire un'app consentendo alla città di rintracciare i sospetti pazienti COVID-19 e i loro contatti.
  • La Germania ha implementato, con la licenza Apache 2.0, un file https://github.com/corona-warn-app app di tracciamento dei contatti che può avvisare le persone se sono state esposte a COVID-19.
  • Un'iniziativa della Linux Foundation, Public Health, ha rilasciato il codice a due app che aiutano a tenere traccia delle infezioni da COVID-19 e informano le persone a rischio, Covid Green e COVID Shield.
  • Due organizzazioni che forniscono importanti software open source nel settore sanitario sono i2b2 tranSMART (dove "tranS" sta per medicina traslazionale, fondamentalmente ricerca applicata), e Sage Bionetworks, che sviluppa software per la collaborazione tra aziende farmaceutiche. Vedremo i loro contributi in altre sezioni di questo articolo.
  • ICE è uno strumento open source che fornisce supporto decisionale clinico per le vaccinazioni.

Open Data

Va notato che gli open data sono un argomento più "disordinato" e più sfumato del software open source. Anche i dati che sono stati deidentificati (resi anonimi) da esperti rischiano di essere nuovamente identificati, quindi è importante assicurarsi che l'accesso ai dati sanitari vada a ricercatori legittimi. La maggior parte delle organizzazioni impone codici di condotta e requisiti di licenza per prevenire gli abusi.

  • Nel Regno Unito, aziende e ricercatori hanno collaborato con il National Health Service per creare OpenSAFELY con dati clinici su 24 milioni di pazienti, per aiutare con la ricerca COVID-19. Il loro software e codice sono disponibili su GitHub, anche se non ho visto citata una licenza.
  • La COVID Tracking Project negli Stati Uniti, come CO-VIDA in Brasile, sono intervenuti dove il governo ha lasciato un vuoto. Un gruppo dedicato di volontari compila gli ultimi dati sulla salute pubblica. E fanno molto di più che ripulire e presentare i dati: li eseguono anche attraverso due importanti strumenti di analisi: COVID Racial Data Tracker e Long-Term-Care Tracker . Questo progetto è supportato dalla rivista The Atlantic e ha pubblicato i suoi dati e contenuti sotto una licenza Creative Commons CC BY 4.0,
  • La Mappa delle cure COVID offre strumenti geospaziali per cercare chi riceve o non riceve attrezzature e quanto sia sotto sforzo la capacità dei fornitori di una regione. L'open source Nextstrain SARS-CoV-2 Research tiene traccia dell'evoluzione del virus - una delle principali preoccupazioni attuali perché sta producendo rapidamente mutazioni più mortali. 
  • Sage Bionetworks ha creato il National COVID Cohort Collaborative Data Enclave con i dati del National Institutes of Health (NIH) degli Stati Uniti. Questo database aperto è il cuore di COVID-19 DREAM Challenge.
  • Terra, un database open source per la salute formato da Verily di Alphabet e Broad Institute, fornisce dati per aiutare i ricercatori a vedere la diffusione e le mutazioni del COVID-19. Poiché il Broad Institute si trova nell'area di Boston, questa partnership ha contribuito a scoprire quello che probabilmente è stato il primo evento di super-diffusione del COVID-19 nell'emisfero occidentale. (Lo ho ben presente, dato che vivo anche io nella zona di Boston.)
  • La data.world open data community promuove la collaborazione su COVID-19 chiedendo alle organizzazioni di condividere i propri dati utilizzando la Creative Commons Open License.
  • A Un Articolo di ZDNet include un enorme elenco di altri set di dati disponibili per i ricercatori COVID-19.
  • Molti dei progetti qui elencati sono curati anche nel più ampio Repository Data4Covid19 di of Governance Lab presso la New York University (NYU). (nota: scrivo come freelance per The GovLab.) Stefaan G. Verhulst, co-fondatore di The GovLab, quando intervistato per questo articolo, ha dichiarato: "L'open source, come gli open data e la open science, consentono una collaborazione e una sperimentazione radicali per affrontare la missione orientata agli obiettivi di interesse pubblico in modo molto più agile e conveniente. "

Open collaboration e altri aiuti per i ricercatori

Tutti i tipi di risorse sono statie messi a disposizione da organizzazioni generose nello sforzo di ricerca sul COVID-19: strumenti per la ricerca di documenti, l'individuazione dei loro autori e l'analisi dei dati.

  • COVID-Net offre uno strumento sviluppato attraverso l'apprendimento automatico per determinare la presenza del COVID-19 con una radiografia del torace. È stato creato con l' assistenza di da Governance Lab.
  • Kaggle, una raccolta di set di dati per la scienza dei dati, ha creato un File-Set di ricerca aperta sul COVID-19 (CORD-19) contenente più di 280,000 articoli accademici, e ha pubblicato una Research Challenge con i set di dati. Un articolo del National Institutes of Health degli Stati Uniti descrive il contenuto, che sembra essere solo testo e metadati, ma non i dati effettivi utilizzati dagli studiosi.
  • Verizon Vespa è un altro strumento open-source (rilasciato con Licenza Apache 2.0) che aiuta nelle ricerche e sui consigli per articoli rilevanti nel settore sanitario.
  • Tre Progetti COVID-19 a i2b2 tranSMART sono nelle prime fasi; un progetto intrigante aiuta le persone a individuare i ricercatori con cui potrebbero voler collaborare.
  • Infine, non bisogna dimenticare che i ricercatori hanno bisogno di un mucchio di risorse di calcolo per eseguire le proprie analisi. All'inizio della storia della pandemia, quindi, il governo federale degli Stati Uniti ha convinto 16 laboratori e aziende a farlo offrendo compute-time gratuito ai ricercatori COVID-19.

La campagna COVID-19 porta anche aria nuova

Si spera che le iniziative in questo articolo puntino a un'apertura del settore sanitario, che tradizionalmente è stato conservatore e riluttante a condividere dati o collaborare. La pandemia ha portato nuova urgenza rispetto alle critiche di decenni: mancanza di coordinamento nel fornire attrezzature salvavita, rigide pratiche di pubblicazione che ostacolano la ricerca o fanno pagare prezzi elevati per essa, cattive pratiche nella raccolta e condivisione dei dati e nell'uso di formati di dati non flessibili come fogli di calcolo. E, naturalmente, le persone si preoccupano di chi riceve i nostri dati e come potrebbero essere abusati.

Il terribile bilancio del COVID-19 ha accelerato i processi tradizionali - come lo straordinario sviluppo dei vaccini - e ha costretto il settore sanitario ad adottare pratiche come la telemedicina che avrebbe dovuto abbracciare molto tempo fa. Si spera che il nuovo ambiente collaborativo rompa anche il blocco dei dati e del comportamento "per silos" che ha aumentato i costi dell'assistenza sanitaria e ha rallentato il passaggio a pratiche migliori. La luce è il disinfettante di cui questo campo ha bisogno, ora.
 

Informazioni su Andrew Oram:

Andrew Oram

Andy è uno scrittore ed editor nel settore IT. I suoi progetti editoriali presso O'Reilly Media vanno da una guida legale sulla proprietà intellettuale a una graphic novel su hacker adolescenti. Andy scrive spesso anche sull'impatto dell'IT in ambito sanitario, su questioni politiche relative a Internet e sulle tendenze che incidono sull'innovazione tecnologica e i suoi effetti sulla società. Pubblicazioni stampate in cui è apparso il suo lavoro includono The Economist, Communications of the ACM, Copyright World, Journal of Information Technology & Politics, Vanguardia Dossier, and Internet Law and Business. Le conferenze cui ha presenziato includono la Open Source Convention di O'Reilly, FISL (Brasile), FOSDEM (Bruxelles), DebConf e LibrePlanet. Andy partecipa all'organizzazione politica della Association for Computing Machinery, USTPC.